Добрый день!
Прошу прощения за долгое отсутствие ответа по вашему багу. Коллеги сообщили, что это поведение корректное, так как распаковка происходит "доверенным процессом". Поэтому дополнительные проверка не запускаются. А вот при обращении к файлу, проверка уже будет запущена.

Добрый день!
Данный сценарий корректен. В рамках проверки автостарта не проверяются вложенные папки, так как по логике системы, запускаются программы из самой папки \Startup, а не из ее подпапок.